Fue creada por breve de elección del Papa Inocencio XII dado en Roma, Santa María La Mayor el 1 de Marzo de 1692, se autorizó otorgar los Grados de Bachiller, Licenciado, Maestro y Doctor.
El documento Papal fue ratificado por el Rey de España Carlos II, mediante Real Cédula denominada EXEQUATUR, dada en Madrid el 1 de junio de 1692.
Tuvo como primer Rector el Doctor Juan de Cárdenas y Céspedes, el primer Grado Académico conferido fue de Doctor en Teología a Don Pedro Oyardo, el 30 de octubre de 1696. Actualmente se rige por la Ley Universitaria 23733 dada el año de 1983.
En la actualidad se administra 21 facultades con 37 carreras profesionales y 29 departamentos académicos, siendo el número de estudiantes de pre-grado matriculados en el semestre 2004-II de 14 828, que están atendidos por 1136 docentes (841 en la condición de nombrados y 295 como contratados), así mismo 471 personas coadyuvan a la administración universitaria (420 en condición de nombrados y 51 como contratados).
La Escuela de Post- Grado viene ofreciendo maestrías con un promedio de 45 estudiantes/maestría. El Instituto de Sistemas que ofrece diferentes cursos de informática tiene un promedio de 15 alumnos/curso. Con relación al Centro de Idiomas que atiende a un promedio de 3,400 estudiantes/mes en los diferentes ciclos de estudio del Idioma Inglés, y un promedio de 84 estudiantes/mes en los otros idiomas que ofrece como son (Francés, Italiano, Portugués y Quechua).
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